Unutrašnja organizacija od osnivanja Instituta 1950 godine do današnjih dana menjala se i prilagođavala izmenama strukture morbiditeta žena, dece i omladine, odnosno stanju epidemiološke i demografske tranzicije. Na izmene i dopune organizacione sheme uticali su i savremeni zahtevi i najnovija saznanja u medicinskoj nauci, ali i objektivne mogućnosti pružanja optimalne zdravstvene zaštite.